塞舌尔航空负责所有岛屿之间的航班，无论是计划航次还是包机。唯一的固定航次是马埃岛和普拉兰岛之间的航班，每个方向每天都有约25个班次，机票全价106美元，提前预定最低可以打折到53美元，与船票价格差不多，免去了乘船劳顿之苦，且航班班次较多，从6:00-21:30都有飞机。15分钟短途飞行的机票往返约132欧元。行李限重是20公斤。塞舌尔航空也飞往伯德岛、德尼岛、弗雷格特岛和德罗什岛。不过这都需要包机
塞舌尔国际机场（Seychelles International Airport）位于马埃岛的维多利亚，距离市中心11公里，所有航空公司都会降落在这里。入关非常简单便捷，填写好在飞机上发的入境表，在海关出示回程机票和酒店预订就可以了。
